Precīzs Raunas draudzes skolas izveides datums nav zināms, tomēr zināms, ka pirms 1693. gada Raunā ir bijusi skola, kas atradusies pie baznīcas. Lielā Ziemeļu kara laikā (1700. – 1721.) tā kopā ar baznīcu tika divas reizes nopostīta. 1722. gadā netālu no baznīcas tika uzcelta jauna Raunas draudzes skolas ēka ar trīs telpām, kas paredzētas 50 skolēniem. 1805. gadā Raunas muižas īpašnieks, Rīgas baņķieris B. K. Kleins, Baižkalna pagasta ēkā atvēra Raunas muižas skolu. Līdz pat 1814. gadam Raunā vienlaicīgi bija divas skolas, kuras vēlāk apvienoja vienā – Raunas draudzes skolā. Skola bija laba, pazīstama plašākā apkārtnē un sagatavoja nākamos rakstvežus, skolotājus, ērģeļniekus, sabiedriskos darbiniekus u.c.
1850. gadā vecā Raunas draudzes skolas ēka pilnībā nodega, kopā ar skolas inventāru un vērtīgiem baznīcas priekšmetiem kas pēc 1836. gada baznīcas aplaupīšanas glabājās skolā. 1852. gadā uzbūvēja jaunu, divstāvu skolas ēku pēc Raunas muižas īpašnieka fon Vulfa plāna un pēc vairākām pārbūvēm redzama arī šodien. Ar 1874. gadu skolā sāka uzņemt arī meitenes.
19. gs. Raunas draudzes skolā mācījušies vairāki vēlāk Latvijai nozīmīgi cilvēki: Jānis Cimze (1814 – 1881); Kārlis Krēsliņš (1860 – 1929); Pēteris Šmits (1869 – 1938); Jūlijs Auškāps (1884 – 1942); Kārlis Ducmanis (1881 – 1943); Pēteris Zālīte (1864 – 1939); Jānis Lapiņš (1885 – 1941) u.c.