Domājams, ka Baižkalna muiža izveidojusies 17. gadsimta beigās, atdalot to no Raunas pils-muižas, vietā, kur atradušās Baižas mājas. Muižu dibinājis Raunas pilsmuižas pārvaldnieks Frīdrihs. Sākotnēji Baižkalna muiža bijusi kroņa muiža jeb bijusi tiešā Krievijas impērijas valdījumā.
Baižkalna muižas kungu māja celta 19. gadsimta pirmajā pusē muižas īpašnieka Berharda Johana fon Cukerbekera laikā. Tā celta klasicisma stilā ar kārniņu jumtu, stikla verandu un četrām kolonnām. 20. gadsimta 60. gados kungu māja pārbūvēta, tai uzbūvēts otrais stāvs, pielāgojot ēku dzīvokļu mājas vajadzībām. Bez kungu mājas Baižkalna muižas kompleksā ietilpa arī pārvaldnieka māja, staļļi, klēts, pagrabs ar virsbūvi, siltumnīca, šķūnis, ratnīcas, kalpu māja, smēde, rija. Baižkalnu muižu ieskāva parks, no kura saglabājušies vien atsevišķi koki un alejas. Vēl šodien Baižkalna muižas kungu mājas priekšā redzama dekoratīvā vāze.
1900. gadā Baižkalna muiža bija 1006 desentīnas jeb 1100 ha. Baižkalna muižai piederēja Vīķu pusmuiža, ūdensdzirnavas, ķieģelceplis, kaļķu ceplis, spirta dedzinātava ar tvaika katlu, skola. Baižkalna muižas teritorijā atradās arī papīrfabrika, ko 1815. gadā atvēra baņķieris, Baižkalna muižas īpašnieks Bernhards Kristiāns Kleins. Šeit galvenokārt izgatavoja ietinamo papīru cukura, ko ražoja Raunas muižā, iepakošanai. Vēlāk tā nonāca tirgotāja Šmita īpašumā un ražoja rakstāmpapīru, ietinamo papīru un filtrpapīru. Bez papīrfabrikas Baižkalna muižas teritorijā atradās arī metālapstrādes rūpnīca, ko 1830. gadā dibināja tirgotājs Lindenbaums. Rūpnīcā ražoja šujamadatas, adāmadatas, kniepadatas, āķus, drāšu sietiņus, peļus slazdus u.c.
Pēc Latvijas neatkarīgas iegūšanas Baižkalna muiža tika sadalīta zemniekiem un amatniekiem, un nonāca privātu saimnieku rokās. Otrā pasaules kara laikā Baižkalna muižā bija izvietots vācu karaspēks, šeit viņiem bija atpūtas vietas, kā tika remontēta militārā tehnika. Mūsdienās bijusī Baižkalna muižas teritorija pieder dažādiem privātiem īpašniekiem. Kungu māja pēc pārbūve kalpo kā daudzdzīvokļu māja, savukārt bijušajos muižas staļļos saimnieko jātnieku sporta klubs “Baižkalna Staļļi”.